小作坊食品生产许可证的办理流程通常包括以下几个步骤：

一、准备阶段

1. 明确生产范围：确定小作坊生产的食品种类、规格等，并了解相关食品类别的生产条件和标准。
2. 选择生产场地：选择符合卫生要求的场地，远离污染源，并确保场地的布局合理，包括生产区、仓储区、检验区等功能区域划分明确。
3. 购置生产设备：根据生产需求购置合适的生产设备，并确保设备符合国家相关标准，能够满足生产工艺的要求。同时，要确保设备的安装和调试符合规范。
4. 组建专业团队：包括管理人员、技术人员和生产人员，这些人员应具备相应的专业知识和技能，熟悉食品生产的法律法规和标准。

二、提交申请材料

1. 工商营业执照：前往当地工商行政管理局办理工商营业执照，这是办理食品生产许可证的基础。
2. 健康证：所有从业人员需要到所在地疾病预防控制中心进行体检，并办理健康证。
3. 食品流通许可证：携带身份证及复印件、健康证、房屋产权证或租房合同等资料，前往所在地食品药品监督管理局办理食品流通许可证。
4. 食品生产许可申请书：在当地市场监督管理局网站下载《食品生产许可申请书》，填写完整并加盖公章。申请书内容包括企业基本信息、生产地址、生产范围、生产设备、人员情况等。
5. 其他材料：包括生产设备清单及设备的合格证明、质量管理文件（如质量手册、程序文件、作业指导书等）、相关人员的培训证明等。

三、现场审核与勘查

1. 提交申请材料：将准备好的申请材料提交至当地食品药品监督管理部门。
2. 现场审核：食品药品监督管理部门会对申请材料进行初步审查，如果申请材料齐全、符合法定形式，将组织专业人员对企业的生产场地、设备设施、人员管理、质量管理体系等进行现场核查。
3. 现场勘查：确认场地、设施、设备等条件是否符合要求，并检查企业是否具备生产符合食品安全标准食品的条件。

四、审批与发证

1. 产品检验：现场核查合格后，食品药品监督管理部门会对企业生产的食品进行抽样检验。检验机构会对抽取的样品进行检验，并出具检验报告。
2. 审批：食品药品监督管理部门根据现场核查和产品检验的结果，对企业的申请进行审批。
3. 发证：如果企业符合条件，将颁发小作坊食品生产许可证，并全网公示许可信息。